公积金余额不足13月是不能进行代扣的。如果签订了按月代扣协议，那么公积金账户里面要留13个月余额，才能代扣成功。不满13个月余额时，则需要还款账户里面留足公积金月供的金额。另外也可以电话咨询住房公积金。