赛罗奥特曼中有许多登场的怪兽，以下是一些例子：

究极生命体雷布拉德星人：曾经统治宇宙的邪恶生命体，后因某种原因被毁灭，但精神体一直存在，能够操控布鲁顿引发时空大混乱1。

黑暗之王贝利亚奥特曼：早期形态为贝利亚奥特曼，与赛罗奥特曼融合后的形态1。

**镜子骑士、红莲火焰、艾安龙、黑格涅艾安龙、黑暗洛普斯、机械奥特兄弟黑暗洛普斯赛罗(黑装甲型)、英普莱扎、古维拉、海帕杰顿(完全体)、索菲亚合成泰兰特、扎拉布星人、多拉考、布莱克王、萨尔菲斯、班德拉斯、阿克雷星人、大铁块、大海龙、金古桥(第二代)"**：这些怪兽在不同的故事线中登场2。

肉盾型甲龙异生兽嘎布、繁殖型依潘龙异生兽伊班、隐身型华阳龙异生兽多拉翁、恶魔型地震龙异生兽伊扇、深海型滑齿龙异生兽扇击兴达、黑暗希卡、液态型蛇颈龙异生兽米斯、翼龙型异生兽梭布、花型异生兽银河固第一形态、花型异生兽银河固第二形态、花型异生兽银河固第三形态、花型异生兽银河固第四形态、剑龙型异生兽达尸翁、黑暗艾普西隆、黑暗卡帕：这些怪兽也是赛罗奥特曼中的敌人。