在栽种苹果树苗时，可以考虑使用以下常用的杀菌药物来处理根部，以预防病害和促进植物生长：

1. **多菌灵**：多菌灵是一种广谱杀菌剂，对多种真菌病害有较好的控制效果，可以用于泡根处理，有效防治根部病害。

2. **甲基托布津**：甲基托布津是一种有机磷杀菌剂，对多种真菌病害和细菌病害有较好的杀菌作用，适用于泡根处理。

3. **硫酸铜**：硫酸铜是一种常用的杀菌剂，具有广谱杀菌作用，可以有效控制根部真菌和细菌病害。

4. **异硫氰酸酯类杀菌剂**：如甲基异硫氰酸酯等，也常用于泡根处理，有较好的杀菌效果。

在使用任何杀菌药物之前，应该仔细阅读产品说明书，并按照正确的剂量和方法来使用，避免过量使用或错误使用。此外，在选择杀菌药物时，应考虑苹果树苗的品种、生长环境、病虫害情况等因素，并遵循当地相关法律法规。

最好在栽种前咨询专业园艺人士或植物保护专家，以获取更具体的建议和信息，以确保苹果树苗的生长健康并最大限度地减少病害发生的风险。希望这些信息对您有所帮助，如有其他问题，请随时告诉我。