HMCL启动器版本隔离为C盘的原因是因为C盘通常是系统所在的分区，程序的运行与配置需要读取C盘上的一些文件，为了方便程序和系统的交互，使用C盘作为版本隔离目录更加保证了稳定性和可靠性。

另外，C盘通常是计算机的默认安装目录，同时也是最容易访问的一个目录，对于不熟悉计算机的用户来说操作起来也更加简单方便。所以，HMCL启动器版本隔离选择C盘作为根目录是很合理的选择。