1、小微企业员工入股可以按照股份的比例进行分配。根据相关法律规定，公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金，并按照实缴比例分配。

2、法律依据：《公司法》第一百六十六条，公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。

公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。