哈尔滨工程大学设有船海核学院、航天学院、动力学院、自动化学院、水声学院、计算机学院、软件学院、国家保密学院、机自学院、信息学院、经管学院、材料学院、理学院、人文学院、国际教育学院、继续教育学院、国防教育学院、马克思主义学院等。