水利工程的科研院所主要包括中国科学院水利部成都山地灾害与环境研究所、南京水利科学研究院、中国水利水电科学研究院、河海大学水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、国家电力公司水力发电工程研究中心等。这些科研院所致力于进行水利工程相关技术的研究及创新，包括水利水电、防洪减灾、水资源管理、山地水文学、水生态保护、水污染控制等领域，为水利建设和水资源管理提供技术支撑和解决方案。同时，这些科研院所也承担着人才培养、国际合作和技术推广等任务。