PETS3和CET3的主要区别体现在考试目的和考试内容上。PETS3，即全国公共英语等级考试三级，注重实践应用，通过该级考试的考生，其英语水平应达到高等教育自学考试非英语专业本科毕业水平。而CET3，即大学英语三级考试，主要是为了检测本地区专科生和成人教育中非外语专业的英语教学水平。

在考试内容上，PETS3主要考查考生的语言实际应用能力，包括对话和短文理解等，而CET3则主要考察语言的语法词汇及其使用，包括阅读理解、词语用法与语法结构等。

总的来说，PETS3和CET3各有侧重，前者更注重实践应用，后者更注重语言基础知识的考察。