有区别。

区别在于，

1. 工作原理：双层流自动空调利用空气和水的双重循环流动，通过水循环进行冷却或加热来调节室内温度。它使用水源热泵技术，通过水的冷暖交换来实现空调效果。而热泵空调利用制冷剂的压缩和膨胀循环，通过制冷剂的物理变化来实现冷热调节。

2. 能效：热泵空调通常具有较高的能效，因为它利用环境中的热能来进行空调调节。它可以通过热泵的工作原理将低温热能转换为高温热能，从而提供制冷或加热效果。而双层流自动空调的能效则取决于水源的温度，通常较热泵空调为低。

3. 应用场景：热泵空调在温度较低的环境下仍然可以提供可靠的制热效果，因此适用于四季皆暖的区域。它可以在冬季供暖、夏季制冷。而双层流自动空调主要适用于温度较高的地区，且主要通过水循环进行冷却，适用于酒店、办公楼等大型建筑。

总之，热泵空调具有较高的能效和全年适用性，适合于四季使用。而双层流自动空调则多用于温度较高的地区，适用于大型建筑物。根据具体的需求和环境，选择适合的空调系统是重要的。