会自动扣除。

1.因为公积金缴纳是按月计算的，逾期一天就会导致当月未缴纳完全，所以会在下月自动扣除未缴纳的部分，以免欠缴。

2.由于逾期一天就会有自动扣除的风险，建议在缴纳公积金时提前规划好时间，避免出现逾期的情况。