以个人名义补缴职工医保和以公司名义补缴确实存在区别。个人补缴通常更为灵活，可以选择补缴的月份和金额，但可能需要支付一定的滞纳金。而以公司名义补缴则可能涉及更复杂的程序和规定，通常适用于员工因公司原因导致的医保断交情况。

补缴后，两种方式的医疗保障效果相同，但具体操作和流程有所区别。