当档案中个别名字因同音不同字而出现混淆时，通常需要通过以下步骤进行认定：

确认曾用名：如果档案中的名字是曾用名，可以通过在公安机关打印户籍登记表证明或查找当年使用曾用名求学、生活、工作的资料来证实。

音同字不同情况下的认定：如果档案中的名字与其他材料如身份证或档案内其他材料的名字存在音同字不同的情形，可以结合档案中的其他相关材料来认定。这种情况可能是由于早期身份证制度实施前的不严谨导致的，也可能是由于一些文化程度较低的职工经常弄错造成的。

单位文书档案中的资料：对于那些无法通过曾用名户籍资料认定的姓名差异，还可以结合个人档案和单位文书档案中的各种资料来进行认定