湖南新农合在深圳门诊可以报销，但需要办理转诊备案手续。

具体的报销步骤如下：

带患者身份证、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到县合管办办理转诊备案手续。

携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续。

出院后，凭患者本人身份证（或户口本）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（有的是发票形式的）、住院费用清单、转诊备案手续到合管办报销。

以上信息仅供参考，如果仍有疑问，建议咨询当地的合管办或医院，以获取最准确的信息。