上海经济适用房5年后补差价的金额根据房屋的增值部分而定。

具体来说，如果您的经济适用房满5年后出现增值，那么您就需要补缴土地收益等价差的差价。一般情况下，这种补差价的钱款是由市住房保障部门和区住房保障部门按照比例分成。具体分成比例会因地区、房屋类型的不同而有所区别。

请注意，补差价的流程和时间节点因具体政策和个人情况而异，建议您在补差价前咨询相关部门或机构，以获取准确的信息。