公证书的瑕疵是会影响其效力的。根据《公证法》规定，公证书是公证机构作为证据保全的文件，其效力等同于法院判决。

如果公证书存在瑕疵，如公证机构未经当事人申请就作出公证等行为，公证证明内容与实际情况不符等情况，公证书的法律效力将受到质疑和挑战。

因此，公证机构和当事人都应当遵守公证法规定，确保公证书的合法性和准确性，以确保公证书的效力得到充分保障。