如果车主已经申请变更车牌，那么注销车辆需要先完成车牌变更手续并获得新的车牌号码注册证，然后再进行注销操作。

因为在注销时需要提交车辆注册证等手续，如果车牌已经变更但手续还未更新，会给注销流程带来不必要的麻烦和延误。因此，在完成车牌变更手续后，车主可以再进行注销操作。