大理大学的两个校区的主要区别在于位置、规模和办学特色。

1. 位置：大理大学分别在南涧校区和飞天校区，南涧校区位于大理市区，环境和生活便利性较高，飞天校区则位于大理市郊区，校园风光优美，空气清新。

2. 规模：南涧校区规模较小，主要办学方向为经济管理、人文社科等；飞天校区规模较大，设置了更多的专业和学科，研究生教育也更加完善。

3. 办学特色：南涧校区注重与当地社会的融合，打造具有地方特色的人才培养模式；飞天校区则强调学科交叉和国际化教育，建立了多个国际交流项目。

选择哪个校区主要还是根据个人的专业和兴趣爱好来定，需要实地考察并结合自身需求做出选择。