巴拿马运河的周围有许多湾，其中最著名的是巴拿马湾和太平洋湾。巴拿马湾位于运河的北部，在巴拿马城和科隆之间。它是一个广阔的海湾，面积约有1,000平方英里。太平洋湾位于运河的南部，它是一个比较狭小的海湾，有时也被称为黑湾。此外，还有孔戈湾、阿马多尔湾和帕纳马湾等几个较小的海湾，它们都是巴拿马运河的周围地区的重要自然景观。