在《仙剑奇侠传三》中，五灵珠分别被以下人物所拿:

1. 金轮寺 - 五灵珠被警察局局长王重阳所拿。

2. 禁军营地 - 五灵珠被徐子陵所拿。

3. 神秘洞窟 - 五灵珠被杜如风所拿。

4. 五灵山 - 五灵珠被杨过所拿。

5. 北极洞府 - 五灵珠被墨家大弟子柳岩所拿。