好医保20年和旗舰版是两种不同的医疗保险产品，它们之间存在一些差别。

首先，好医保20年是一款长期医疗保险，保障期限为20年，保证续保期间内续保无需审核，即使产品停售也可以续保。它的保障内容涵盖了住院、门诊、特殊门诊、住院前后门急诊、外购药、重疾津贴等多种医疗费用，报销额度高达400万元。但是，好医保20年存在90天的等待期，且只对0-60周岁的人群承保。

而旗舰版可能指的是某些保险公司推出的高端医疗保险产品，通常具有更高的保障额度、更全面的保障内容以及更优质的服务。例如，旗舰版可能包括海外医疗、私立医院、直付服务等特殊保障，但相应地，保费也会更高。

总的来说，好医保20年和旗舰版在保障期限、保障内容、保费等方面都存在一定的差别。选择哪种产品取决于个人的需求和预算。建议在购买前仔细阅读产品条款和说明书，了解清楚产品的保障范围和免责条款