在于它们的生产厂家和产品特点不同。

凤凰显微镜是由中国光学仪器企业集团有限公司生产的，主要特点是优质光学成像、高清晰度、成像稳定等，广泛应用于生物医学、病理学、药学等领域。

凤佳显微镜则是由佳能株式会社生产，其特点是成像清晰度高、色彩还原度好、细节表现力强等，主要应用于材料科学、半导体工业、纳米技术等领域。

因此，选择哪种显微镜应该根据具体需求来决定，比如需要观察什么样的物质，需要什么样的特点等。