深圳社保门诊每年1000元的更新时间通常是在当年的1月1日至12月31日之间，也就是一个自然年内。您可以在每年的1月份后通过深圳市社会保险管理局官方网站、社保APP等途径查询您的社保缴费情况和余额，以及是否需要进行社保门诊1000元的缴纳和更新。另外，请注意缴费截止日期，避免逾期导致无法享受相关社保福利。