琴丝竹和小叶簕竹在多个方面存在显著差异。

首先，从科目分类来看，琴丝竹，也被称为花孝顺竹，属于禾本科；而小叶簕竹则属于灌木或乔木状竹类植物。

其次，两者的颜色特征也有不同。琴丝竹的新秆呈现浅红色，老秆则是金黄色，且不规则地间有绿色纵条纹。而小叶簕竹的箨鞘迟落，箨耳线状长圆形，常外翻而呈新月形，箨舌条裂，边缘被流苏状毛；箨片卵形至狭卵形，常外翻，背面被糙硬毛，叶鞘肋纹隆起，叶舌近截形，低矮，边缘微齿裂并被细长纤毛；叶片线状披针形至狭披针形，假小穗簇生于花枝各节；小穗线形，带淡紫色，含小花，无毛；外稃卵状长圆形，花丝分离，花药黄色，宽线形，子房瓶状，花柱短，柱头羽毛状。

总的来说，琴丝竹和小叶簕竹在科目分类和颜色特征上都有着显著的区别。这些差异使得两者在植物分类和观赏价值上各有特色。