新生儿疾病筛查报销时间一般是在孩子出生后的30天以内。根据相关法律规定，所有新生婴儿在出生后30天之内需完成初筛查，在新生儿出生后3-7天内在新生儿助产机构完成现场筛查。如果儿童家长逾期未检查，逾期后不能申请免费新生儿疾病筛查。