电三轮车跑行驶过程中，控制器和电机产生过多的热量，主要原因可能是电机在高速运行时产生的摩擦及电流过大导致的能量转换成热能。

其次，电三轮车可能存在过载或长时间行驶的情况，导致电机和控制器运转时间过长，热能不断积累。应注意电机和控制器的散热效果，加速时避免过度踩油门，停车后等待电机自然冷却。平时应注意保养和维护，定期清洁和检查电路连接是否松动。