跑50米主要锻炼的是腿部肌肉，包括腿部大肌群、小腿肌群和臀部肌肉。这些肌肉在进行短跑时会收缩并产生大量的力量，帮助推动身体向前。

在跑步过程中，脚踝、膝盖和髋关节的运动协调起着至关重要的作用，同时这些关节也承受着跑步时的冲击力。

因此，除了上述重要的肌肉群之外，脚踝、膝盖和髋关节周围的肌肉群也会得到锻炼。总之，跑50米可以全面锻炼下半身肌肉群和相关关节，提高身体的爆发力和速度。