调解协议双方未履行，不会被按撤诉处理。根据我国法律规定，调解协议一经双方签字并经人民法院确认，即具有法律效力，当事人应当自愿履行。如果不履行，对方可以向法院申请强制执行。因此，调解协议双方未履行，不会导致案件被撤诉，而是会被列为继续执行案件，由法院采取强制执行措施，促使当事人履行调解协议。