你好，是的，全国不动产统一登记包含农村自建房。根据《不动产登记暂行条例》第十一条规定，不动产登记应当包括房屋及其附属设施、构筑物和其他土地上附着的物权利，不论是否已经办理房屋所有权证书等相关证件。因此，农村自建房也应当进行不动产登记。