华大基因总部位于中国深圳市南山区高新南一道5号，因此可以明确总部所在地为深圳市南山区。

这里是互联网和科技领域的聚集地，这也是华大基因这样的高科技企业选择在该地区设立总部的原因之一。

此外，深圳市政府对于高新技术企业也有相应的扶持政策，从这一方面也能看出在这个城市发展的优势。