在选择酸奶商用菌种时需要考虑多个因素。

首先，要选用具有优良发酵特性和稳定性的菌种，如乳酸杆菌等。

其次，要考虑市场需求、生产环境和材料等条件，选择适合自身生产的菌种。

最后，要选择质量稳定、厂家信誉良好的菌种，保证生产出的酸奶品质稳定可靠。综合考虑，选择酸奶商用菌种需要以市场为导向，结合生产条件和质量要求，选择适合自己的优质菌种。