根据政府的政策调整，将新农合逐步停止的原因有几个。

首先，新农合是农村居民的医疗保险制度，而社保是全民范围内的医疗保险制度，为了实现全民社会保障的目标，政府决定逐步整合农村和城市的医疗保险制度。

其次，新农合存在着资金不足、管理不规范等问题，整合后可以更好地统筹和管理医疗保险资源。

最后，停止新农合也是为了提高农民的医疗保障水平，让他们享受更全面、更优质的医疗服务。