进项勾选已统计确认后，应根据税法规定和财务记账原则，在财务系统中录入进项发票信息，然后再确认抵扣。确认抵扣需要根据进项发票与销项发票进行核对，并填写抵扣凭证，在财务系统中进行操作。同时，在确认抵扣时还需注意抵扣范围、抵扣时间限制、抵扣比例等相关规定，确保抵扣操作的合规性和准确性。