尼罗河变红的原因主要有两种情况。

一是在每年的7月至11月，尼罗河进入泛滥期，占其流量七分之四的青尼罗河水量剧增，从流经地带带来的大量泥沙使尼罗河呈现红褐色，其中9月份的河水最红。

另一种情况是当尼罗河流速减缓，水藻便开始沉积，由于藻类死后会腐烂，使得河水变成了血红色，这样的红色水是有毒的，可能导致河中的鱼类和蛤蟆等动物大量死亡。