自建房在符合一定条件的情况下是可以办理营业执照的。但是，如果自建房不能办营业执照，可能有以下几种原因：

房屋不符合国家建筑安全、安全生产及国家安全等要求：自建房作为营业场所，首先需要满足建筑安全规范，确保建筑物结构安全，防火、抗震等性能达到国家标准。如果房屋存在安全隐患或不符合国家相关要求，那么就不能办理营业执照。

违法建筑或危房：违法建筑或危房因其本身存在法律或安全上的问题，不能作为合法的营业场所，因此无法办理营业执照。

缺少必要的证明文件：办理营业执照需要提交一系列证明文件，如居民身份证、职业证明、生产经营场所使用证明等。如果缺少这些必要的文件，或者文件不符合要求，也会导致无法办理营业执照。

未通过相关部门的审批：对于某些特定行业，如食品生产经营、烟草制品经营等，需要先取得相关部门的审批或许可证。如果未通过这些审批，那么也无法办理营业执照。

综上所述，自建房不能办营业执照的原因可能涉及房屋本身的安全性和合法性，以及所需证明文件的完备性和审批流程的完成情况。在实际情况中，应具体问题具体分析，了解具体的原因并采取相应的措施解决。