在珠海斗门，办理货运资格证的部门是珠海市交通运输局斗门分局。您可以前往该分局的货运管理科进行办理。在办理过程中，您需要提供相关的证件和资料，如身份证、驾驶证、车辆行驶证等，并按照要求完成相应的申请手续。同时，还需要缴纳相应的费用。办理货运资格证是为了确保货物运输的安全和合法性，因此在办理过程中需要认真对待，按照规定的程序和要求进行操作。