816数据结构和408数据结构的主要区别在于：

1.课程内容不同。816数据结构重点讲授面向对象的数据结构，包括数据结构的基础原理、复杂性分析、树、图以及搜索算法等；而408数据结构更加关注数据结构的相关算法，涵盖数据结构的基本概念、线性表、栈和队列、树和图、查找和排序等内容。

2.难度不同。由于816数据结构涉及的内容比408数据结构要广泛，其难度也要大些。

3.上课方式不同。816数据结构通常是以讲课为主，学生需要按照老师的讲解去理解和记忆；而408数据结构则以实验课为主，学生通过实验操作加深对数据结构的理解。