1. 首先，需要确定SW算法的匹配得分矩阵和惩罚矩阵。

2. 对于两个序列A和B，根据匹配得分矩阵计算它们的得分矩阵。

3. 从得分矩阵的右下角开始，找到得分最高的元素，并记录下来。

4. 按照一定规则，将该元素所在的行列作为一个SW链条的一部分。

5. 将该元素所在的行和列删除，再次从剩余得分矩阵中找到得分最高的元素，重复步骤4和5直到找不到得分更高的元素或者剩余得分矩阵为空。

6. 最终得到的所有SW链条就是SW链条阵列。