微生物菌剂和多菌灵在作用机理、应用方向、对环境的影响、安全性等方面存在区别。以下是相关介绍：

1、作用机理不同。多菌灵是一种化学农药，主要通过杀灭病原真菌的细胞，阻断其生长繁殖过程来防治病害；微生物菌剂则使用特定的微生物菌株，使其产生对害虫或病原菌具有致病性的代谢产物，利用微生物之间的竞争作用和调节作用来控制病虫害的发生。

2、应用方向不同。多菌灵一般应用于植物真菌病害的防治，如辣椒疮痂病、白菜黑穗病、香椿炭疽病等，也可以用于农作物发芽前的预防处理；微生物菌剂则可以用于植物病虫害和土壤微生物的调节，例如青霉素链霉素可以用于病毒防治，放线菌可以用于对土壤传播的真菌进行防治。

3、对环境的影响不同。多菌灵是一种化学农药，使用过程中可能会对环境和人体健康带来一定的威胁，因此在使用过程中需要严格按照标准剂量和规范使用，确保农产品质量安全；微生物菌剂则对环境污染较小，同时微生物对土壤及植物的生长有一定的刺激作用，有利于土壤的改良和作物的增产。

4、安全性不同。多菌灵是化学合成的农药，存在一定的毒性，对人畜以及环境的安全性存在隐患；微生物菌剂则是天然产生的菌类，使用安全可靠。