如果申请农村信用社收款码不通过，可能有以下几个原因：

1.个人信息填写有误或不完整，需要核实并重新填写。

2.申请人的信用评分较低，不符合开通收款码的要求。

3.申请人在银行或信用社内部存在不良记录或异常操作，被视为高风险用户。

4.申请人没有提供足够的证明材料，无法验证身份和资质。如果遇到申请不通过的情况，可以先了解具体原因并针对性地解决，例如修改个人信息、提升信用评分、规范操作等。同时，如果实在无法解决，也可以联系银行或信用社的客服咨询具体情况并寻求解决方案。