上海新能源牌照申请流程包括以下步骤：首先，申请人需要前往上海市公安局车辆管理所进行现场申请，提交相关材料，包括身份证、车辆购置税完税证明、车辆行驶证、车辆购置发票等。

其次，申请人需要进行车辆技术检验，检验合格后方可进行牌照申请。最后，申请人需要缴纳相关费用，等待牌照制作完成后领取。申请时间一般为工作日上午8:30-11:30和下午1:00-4:30，具体时间以当地公安局车辆管理所为准。申请流程时间因个人情况而异，一般需要3-5个工作日，具体时间也取决于车辆技术检验的时间和制作牌照的速度。