您好，代理公司运作境外加工业务核销一般需要按照以下步骤进行：

1. 签订合同：代理公司需要与境外加工企业签订合同，明确双方权责和合作事项。

2. 申请核销：代理公司需要向外汇管理部门申请核销境外加工业务。

3. 出口货物：代理公司需要将生产完成的货物出口到境外加工企业。

4. 获得核销证明：代理公司需要向外汇管理部门申请核销证明，以证明该笔加工业务已经完成。

5. 结算款项：代理公司需要根据合同约定，向境外加工企业支付加工费用。

需要注意的是，代理公司在运作境外加工业务核销时，需要遵守相关的法律法规和业务操作规范，确保业务合法合规。