您好，穿紫河游船门票99元和69元的区别主要在于游览的船型和航线不同。

99元的门票是乘坐大型游船游览穿紫河，游览时间约为1小时，可观赏到穿紫河两岸的美景，包括龙门峡、九曲桥、梅岭等景点。

而69元的门票则是乘坐小型游船游览穿紫河，游览时间约为40分钟，航线较短，只能欣赏到穿紫河上的一些景点，如九曲桥、梅岭等。

因此，门票价格的不同主要是由于游览船型和航线的不同所导致的。