钟离是否知道芙宁娜是水神，这取决于他所处的故事背景、他的身份以及他与芙宁娜的关系。

如果钟离和芙宁娜都是某个神话故事或小说中的角色，并且芙宁娜的水神身份是故事中的重要元素，那么钟离很可能知道她的身份。在这种情况下，钟离可能会因为与芙宁娜的交往、共同经历或者故事中的情节提示而得知她的真实身份。

然而，如果钟离和芙宁娜只是普通的人物，或者芙宁娜的水神身份并不是故事中的关键信息，那么钟离可能并不知道她的身份。在这种情况下，除非故事中有明确的提示或情节发展，否则我们不能确定钟离是否知道芙宁娜是水神。

总之，钟离是否知道芙宁娜是水神，这完全取决于具体的故事背景和情节设置。